Placée sous le vocable de Saint Hilaire, l'église de Clessé a été remaniée et restaurée à diverses reprises.
A la fin du XVIème siècle, la nef de l'église n'était qu'à demi couverte de tuiles courbes, le reste était à ciel ouvert. Sur les deux cloches, une seule sonnait. L'église était alors fort pauvre.
Vers la fin du XVIIème, on constate qu'elle est en meilleur état. Seul le clocher menace ruine et l'une des cloches est félée. Debut XVIIIème, les réparations se poursuivent, et en 1731, le clocher est lambrissé.
L’église fut incendiée en juillet 1793 par les soldats du général républicain Westermann lorsqu'il vint brûler le bourg d'Amailloux et le château de Clisson, après avoir chassé les vendéens de Parthenay.
Elle a été restaurée en 1858, comme l'indique la date gravée sur le 2ème châpiteau côté gauche : réhaussement des murs de 1,50m, renouvellement de la charpente et blanchissement des murs intérieurs. Elle a été agrandie vers 1930 et dotée de deux absides.
Haute tour carrée étayée par deux contreforts d'angles, le clocher carré est du XIVème siècle, de même que le mur exterieur de l'église romane.
L'électrification date de 1932 et le chauffage de 1967.
L'église de Clessé possédait autrefois un ciboire un argent dans lequel était enchassée une agate d'une "grandissime valeur". Ce vase sacré était le seul en son genre dans toute la région. On ne sait ce qu'il est devenu ...
